工業顯微鏡，顧名思義，主要是應用在工業上，而工業上的應用主要就是觀測材料，工業材料大部分非透明的，比如金屬、復合材料、電子半導體器件。
生物顯微鏡主要應用于生命科學領域，觀測的主要是細胞、病菌、組織等等，絕大多數是透明物體。
與生物顯微鏡不同，工業用電子顯微鏡多用于觀察非透明的樣品，因此主要采用反射照明，主機機身上搭載有反射照明器。觀察方式主要包括：明視場、暗視場、微分干涉、偏光、熒光等。
那么，工業用電子顯微鏡的應用范圍有哪些？
1.電子工業：印刷電路及組成安裝，產品質量控制及篩查，返工及焊接
2.精密工程、塑料業：產品質量控制及篩查微焊接，微加工，注入澆鑄
3.醫療、牙科器材制造業：精加工，安裝，精細修整，顏色匹配，返工檢修
4.生物醫學：樣本制備，樣本解剖，鏡檢操作，樣本染色
5.測量系統